Fakultas Teknik Universitas Cenderawasih Jayapura berdiri berdasarkan Surat keputusan Menteri Pendidikan Nasional RI Nomor : 146/0/2001, tanggal 11 September 2001 tentang Pendirian Fakultas Teknik Uncen dan diresmikan pada tanggal 27 November 2001. Dengan tujuan untuk memberikan akses dan kesempatan serta pelayanan pendidikan tinggi bagi masyarakat di tanah Papua.

Hingga saat ini Fakultas Teknik memiliki 5 Jurusan yaitu Jurusan Teknik Sipil, Pertambangan, Elektro, Mesin dan Perencanaan Wilayah dan Tata Kota jumlah mahasiswa yang meningkat tiap tahun membuat kami dibidang kemahasiswaan terus berupaya meningkatkan kinerja dan mutu pelayanan dalam bidang kemahasiswaan kepada mahasiswa baik dalam mengembangkan diri melalui minat dan bakat serta memberikan dorongan atau dukungan dalam meningkatkan belajar dengan memberikan bantuan melalui beasiswa.